Em Star Haven, existe uma Varinha Estelar que permite às estrelas realizar desejos àqueles que são puros de coração. A Varinha Estelar é protegida pelos Sete Espíritos Estelares, que a protegem em seu santuário. No entanto, Bowser ataca Star Haven, rouba a Varinha Estelar e aprisiona os Espíritos Estelares para que eles não possam desafiar seu poder. Com seus novos poderes, Bowser derrota Mario e ergue o castelo da Princesa Peach no ar, levando-a e todos os seus convidados como prisioneiros. Agora, a única maneira de desafiar o poder desenfreado de Bowser é resgatar todos os sete Espíritos Estelares, que foram aprisionados por toda a terra.
Paper Mario é a continuação de Super Mario RPG: Legend Of The Seven Stars . Basicamente, este é um RPG ambientado no universo Mario. Mario tem a capacidade de ganhar experiência e subir de nível derrotando inimigos e chefes. Mario também tem a capacidade de recrutar companheiros de equipe para ajudá-lo em batalhas por turnos. Além disso, Mario pode coletar insígnias que ajudarão em suas habilidades de combate, peças de estrela que ele pode trocar por insígnias e mais itens que ele pode usar ao longo do jogo. Os Espíritos Estelares também o ajudarão em sua jornada.
Todos os personagens do jogo são 2D em um mundo totalmente 3D. Isso dá a sensação de que cada personagem é feito de "papel".
