Phantasy Star Universe pode ser considerado a sequência de Phantasy Star Online com jogabilidade RPG hack-and-slash. Mais uma vez, há dois componentes: conteúdo offline e online. Na história offline single-player, Ethan Weber, de 17 anos, é um cadete militar em uma missão para salvar sua irmã sequestrada de uma força misteriosa chamada THE SEED. Esses eventos e personagens complementam a jogabilidade online. Além disso, há um modo offline que joga de forma semelhante ao modo online, com personalização de personagem.
No componente MMORPG online, os jogadores criam seus personagens com base em quatro raças: Humanos, CASTs, Newmans e Bestas, com 3 classes principais que ainda podem ser alteradas durante o jogo. Uma vez em um nível alto, há especialização adicional com 7 classes avançadas. A personalização do personagem inclui roupas, cabelo, características faciais, voz e proporções corporais.
O jogo se passa no Sistema Estelar Gurhal, com três planetas para explorar. Os jogadores também podem se unir em combates baseados em esquadrões e enfrentar mais de vinte masmorras enormes. As opções de movimento do jogo anterior foram melhoradas, com melhorias como strafing. Os personagens podem empunhar armas diferentes para cada mão e há veículos controlados pelo jogador. Uma taxa mensal é necessária para continuar jogando.
