Em uma ilha de malha cheia de muitos Yoshis de fios de padrões variados, a malvada Magikoopa Kamek transforma quase todos os Yoshis em feixes de fios para seu mestre Baby Bowser, espalhando-os por diferentes mundos. No entanto, dois Yoshis conseguem evitar ser transformados, e eles partem para perseguir Kamek. Dando início a uma fantástica viagem por seis mundos diferentes para resgatar seus amigos peludos.
Assumindo o papel de Yoshi, o jogo se passa em um mundo onde os personagens e o ambiente são compostos de fios e tecidos. Seguindo os poderes originais do pequeno dinossauro, o uso de sua língua para engolir inimigos e usar seu salto de flutter para alcançar áreas altas. Ao longo de cada nível, o Yoshi pode pegar contas, que podem ser gastas em Power Badges, dando poderes a ele para combater os desafios que chegarem no seu caminho.
