Shylphon Filter 2 é um jogo de tiro em terceira pessoa furtivo, onde seu enredo se passa logo após o termino do primerio. Gabriel Logan, Lian Xing, e um esquadrão de agentes da CBDC tenta deixar o Cazaquistão após recolher os arquivos back-up de Jonathan Phagan's, são emboscados pela Agência, Lian é capturada. A SVR chega para cobrir as pistas de Gabe, enquanto ele tenta trocar os dados pela vacina, para Lian, da Agência.
O núcleo da jogabilidade está focado em táticas furtivas, que exigem que os inimigos sejam eliminados usando armas silenciadas ou outros ataques letais. No entanto, a maior parte do jogo é orientada para a ação, o que envolve Logan navegando pelos níveis enquanto atira nos inimigos. Assim garantindo uma gameplay divertida e empolgante para durar várias horas.
