Muitos meses se passaram desde que os eventos de The Legend of Zelda: The Wind Waker, e Link, o grupo de piratas da Tetra, partiram em busca de novas terras. Tetra cai em perigo quando ela explora um navio abandonado sozinho, e Link cai no oceano quando ele tenta resgatá-la. Quando ele fica inconsciente nas costas de uma ilha misteriosa, ele é despertado por uma fada que concorda em ajudá-lo quando ele sai para encontrar sua amiga e seu caminho de volta para casa.
Phantom Hourglass é um jogo de ação e aventura, e a sua jogabilidade está estruturada de forma semelhante a outros jogos da série The Legend of Zelda. Como o jogo segue cronologicamente após The Wind Waker, o jogo é dividido principalmente em duas seções de jogabilidade principais: navegar entre as ilhas e explorar as ilhas e suas masmorras a pé.
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