Em Ghost Recon, a Red Army está de volta agora que o governo da Rússia entrou em colapso, um líder casca grossa está empenhado em assumir as repúblicas. Um avançado esquadrão de soldados do Exército dos EUA conhecidos como os Ghots Recon estão na linha de frente ao combate. Ao contrário dos jogos anteriores, o cenário é muito mais focado nas manobras antiterroristas.
Inventários e armas da próxima geração darão aos jogadores um vislumbre do programa "Land Warrior", do Exército dos EUA, no qual o Ghost Recon se baseia. Antes de cada missão o jogador é apresentado a um pequeno introdutório, onde é mostrada a atual situação, o mapa e os objetivos. Então, o jogador deve escolher seis soldados dentre quatro especialidades.
