Cubby e Rubby, descendentes de Bub e Bob do Bubble Bobble original , devem resgatar sua amiga Judy, que foi sequestrada pelos malvados Skull Brothers!
O jogo se parece muito com o jogo original: você usa um dinossauro que cospe bolhas em seus inimigos, prendendo-os até que você toque nas bolhas para fazê-las estourar e derrotar os inimigos presos. Mas Cubby e Rubby têm duas habilidades que seus ancestrais não tinham: segurando o botão de ataque, eles podem flutuar para cima - e ao soltá-lo, eles disparam várias bolhas de uma só vez. Eles também podem pegar itens especiais que aumentam seus pontos, velocidade e poder de ataque. Este jogo apresenta 80 níveis, inimigos totalmente novos e minijogos de bônus.