Edward Carnby, detetive particular do paranormal, está de volta. Seu melhor amigo, Charles Fiske, foi encontrado morto perto de Shadow Island — uma ilha misteriosa perto do Maine. É seu dever assumir a investigação e descobrir os segredos de Shadow Island. O jogo se passa nos arredores de uma mansão sombria. O jogo tenta importar a maioria das mecânicas de jogo de seu irmão Windows/Consoles : a maior parte do tempo é gasto explorando o mundo do jogo (telas com perspectivas de câmera alternadas), coletando itens e usando-os para resolver quebra-cabeças.
Além das mudanças técnicas óbvias devido ao poder restrito do sistema Game Boy Color, há duas diferenças importantes: não há escolha de personagens, e se o jogador for atacado (principalmente em pontos predefinidos, em algumas áreas aleatoriamente) o jogo muda para um modo de jogo diferente. A perspectiva está em algum lugar entre isométrica e de cima para baixo, e o jogador tem que matar os inimigos que se aproximam - ele pode girar em oito direções e tem que mirar na direção geral. Consistentemente com as entradas anteriores desta série, a munição é escassa.