O navio de guerra Colossus, Space Pirate, voa pelo espaço depois de coletar os depósitos finais de Phazon no Planeta Aether. No entanto, os piratas, sem saber, adquiriram os restos mortais de Dark Samus, que havia sido derrotado no planeta abaixo. A doppelganger reviveu-se absorvendo enormes quantidades de Phazon em sua sala de armazenamento, sugerindo ainda que a criatura é realmente o Metroid Prime, ressuscitando e jurando vingança.
Os jogadores controlam Samus movendo-se com o controle Nunchuk e mirando com o ponteiro, permitindo um nível de imersão diferente de tudo que já experimentaram. Pelos olhos da heroína, os jogadores experimentam um salto quântico no controle em primeira pessoa, pegando power-ups conhecidos, como o Grapple Beam e o Morph Ball, além de várias surpresas, para ajudá-la a sobreviver às próximas provas.
