Esta é a história de algumas garotas mágicas, que caçam bruxas ao longo dos tempos. Quantas vezes isso se repetiu várias e várias vezes, Homura Akemi parou de contar há muito tempo. Depois de desafiar várias vezes a mais poderosa das bruxas, "Walpurgisnacht", sem sucesso, pensando novamente que era o fim, ela confiou tudo a Madoka Kaname.
"Se todas nós, cinco garotas mágicas, nos juntássemos, não seríamos capazes de derrotar Walpurgisnacht?"
Com isso em mente, Homura volta no tempo mais uma vez. As cinco garotas devem forjar um vínculo entre elas para cooperar e derrotar Walpurgisnacht. Agora, as garotas são deixadas para trás, e uma delas será sua guia...
