MLB 2006 apresenta inúmeras melhorias de jogabilidade para a próxima temporada. A novíssima Branch Point Technology (BPT) fornece transições de campo contínuas e funcionamento suave da base; o novo marcador de campo do PlayMaker fornece melhor interação de campo com seus atributos de jogador com seu nível de habilidade para fazer a jogada; o novo lançamento de lançamento de pontos ajuda a determinar sua capacidade de acertar pontos na zona de ataque; um modo de franquia mais profundo; e um modo de carreira totalmente novo, onde você dá as cartas. Com o retorno dos favoritos de jogo, incluindo a funcionalidade EyeToy e jogabilidade online através do 989SportsOnline.com, o MLB 2006 promete uma experiência realista para cada arremesso, acertar, pegar e lançar a partir do momento em que você pisa no diamante.