Este é o segundo Neon Genesis Evangelion "animé interativo" para Saturno. Os eventos do jogo acontecem logo após o episódio 14 da série de TV. Uma nova garota chamada Magumi chega à escola onde estuda o herói da série Shinji Ikari. Os dois começam a desenvolver sentimentos um pelo outro, quando um novo anjo ataca. O jogador controla Shinji por meio de uma série de decisões (agora há três ou quatro escolhas de cada vez, ao contrário do jogo anterior que tinha apenas duas e uma história ramificada) e por meio das lutas. Muitas das cenas do filme que retratam o combate são apresentadas em 3D. O jogador seleciona movimentos de vez em quando; as seleções corretas levam à continuação do filme - e, portanto, do jogo.